Японские инженеры создают экзоскелет IS (Infinite Stratos), которой становится основой боевого доспеха. Однако из-за некоторых особенностей носить его могут только женщины, в связи с чем возникает неравноправие полов и в обществе доминирует именно женщины. 15-летний Итика Оримура поступает в школу для подготовки пилотов, потому что неожиданно для всех ему удаётся активировать IS на городском экзамене. В результате он становится единственным юношей в академии.